Skim reka bentuk dan penyelesaian rantai peptida polipeptida

I. Rumusan
Peptida ialah makromolekul khas yang urutannya adalah luar biasa dalam ciri kimia dan fizikalnya.Sesetengah peptida sukar untuk disintesis, manakala yang lain agak mudah untuk disintesis tetapi sukar untuk disucikan.Masalah praktikal ialah kebanyakan peptida larut sedikit dalam larutan akueus, jadi dalam penulenan kami, bahagian peptida hidrofobik yang sepadan mesti dilarutkan dalam pelarut bukan akueus, Oleh itu, pelarut atau penimbal ini berkemungkinan besar tidak konsisten dengan penggunaan prosedur eksperimen biologi, supaya juruteknik dilarang sama sekali menggunakan peptida untuk tujuan mereka sendiri, supaya berikut adalah beberapa aspek reka bentuk peptida untuk penyelidik.

Skim reka bentuk dan penyelesaian rantai peptida polipeptida
Kedua, pilihan peptida sukar sintetik yang betul
1. Jumlah panjang jujukan terkawal ke bawah
Peptida kurang daripada 15 residu lebih mudah diperoleh kerana saiz peptida bertambah dan ketulenan produk mentah berkurangan.Oleh kerana jumlah panjang rantaian peptida meningkat melebihi 20 sisa, kuantiti produk yang tepat adalah kebimbangan utama.Dalam banyak eksperimen, mudah untuk mendapatkan kesan yang tidak dijangka dengan menurunkan nombor sisa di bawah 20.
2. Kurangkan bilangan sisa hidrofobik
Peptida dengan penguasaan besar sisa hidrofobik, terutamanya di rantau 7-12 residu dari terminal-C, biasanya menyebabkan kesukaran sintetik.Ini dilihat sebagai gabungan yang tidak mencukupi dengan tepat kerana helaian lipatan B diperoleh dalam sintesis."Dalam kes sedemikian, mungkin berguna untuk menukar lebih daripada dua residu positif dan negatif, atau meletakkan Gly atau Pro ke dalam peptida untuk membuka kunci komposisi peptida."
3. Menurunkan peraturan sisa "sukar".
"Terdapat beberapa sisa Cys, Met, Arg, dan Try yang biasanya tidak mudah disintesis."Ser biasanya akan digunakan sebagai alternatif bukan oksidatif kepada Cys.
Skim reka bentuk dan penyelesaian rantai peptida polipeptida

Ketiga, tingkatkan pilihan larut dalam air yang betul
1. Laraskan terminal N atau C
Berbanding dengan peptida berasid (iaitu, bercas negatif pada pH 7), asetilasi (Acetylation N-terminus, terminal C sentiasa mengekalkan kumpulan karboksil bebas) amat disyorkan untuk meningkatkan cas negatif.Walau bagaimanapun, untuk peptida asas (iaitu, bercas positif pada pH 7), aminasi (kumpulan amino bebas pada terminal-N dan aminasi pada terminal-C) amat disyorkan untuk meningkatkan cas positif.

2. Sangat memendekkan atau memanjangkan urutan

Sesetengah jujukan mengandungi sejumlah besar asid amino hidrofobik, seperti Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr dan Ala, dsb. Apabila sisa hidrofobik ini melebihi 50%, ia biasanya tidak mudah larut.Ia mungkin berguna untuk memanjangkan urutan untuk meningkatkan lagi kutub positif dan negatif peptida.Pilihan kedua ialah mengecilkan saiz rantaian peptida untuk meningkatkan kutub positif dan negatif dengan merendahkan sisa hidrofobik.Lebih kuat sisi positif dan negatif rantai peptida, lebih besar kemungkinan ia bertindak balas dengan air.
3. Masukkan sisa larut air
Bagi sesetengah rantai peptida, gabungan beberapa asid amino positif dan negatif boleh meningkatkan keterlarutan air.Syarikat kami mengesyorkan terminal N atau C-terminus peptida berasid untuk digabungkan dengan Glu-Glu.Terminus N atau C peptida asas diberikan dan kemudian Lys-Lys.Jika kumpulan yang dicaj tidak boleh diletakkan, Ser-Gly-Ser juga boleh diletakkan di terminal N atau C.Walau bagaimanapun, pendekatan ini tidak berfungsi apabila sisi rantai peptida tidak boleh diubah.